A diretoria da Fetaep executa o seu trabalho com o apoio de dez regionais sindicais. Cada uma delas é liderada por um Representante e um coordenador. Eles são responsáveis pela implementação das deliberações do Movimento Sindical dos Trabalhadores e Trabalhadoras Rurais (MSTTR) junto aos Sindicatos de Trabalhadores Rurais (STRs) situados em suas áreas de abrangência.
Além disso, as Regionais Sindicais da Fetaep possuem representantes que compõem as comissões estaduais, grupos formados com o objetivo de discutir e propor ações nas várias áreas de atuação do MSTTR no Paraná como: política agrícola, agrária, meio ambiente; assalariamento rural; políticas sociais; política de formação e política de finanças.
Os cargos ocupados nas Regionais Sindicais e nas comissões são exercidos por dirigentes sindicais de base, ou seja, diretores dos STRs.
Confira abaixo a localização de cada uma das Regionais Sindicais da Fetaep.